а в каком количестве? Нет ли скоплений?
Деформация грудной клетки указывает на длительно текущий процесс. Хроническая пневмония, насколько мне известно, сейчас не классифицируется как хроническая. Сколько "обострений" за последнее время?
"15-20 лейкоцитов в моче" не является диагностически значимым показателем, а протеинурия может быть реактивной при любом из указанных заболеваний. Как уже было сказано, итог поможет подвести бронхоскопия.